Вообще, если используете только иннодб, память там сьедается файлом буфера данных-его принято выставлять до80% от доступной оперативной — innodb_buffer_pool_size. В нем храниться страницы с данными и индексами, что бы не лазить лишний раз на медленный диск, а обращаться всегда к оперативке.
А все остальные буфера-это крохи по сравнению с этим(если конечно мы говорим о сервере с гигами оперативки:) )