Если я правильно понял, то SKU нужно формировать отдельной таблицей как композицию магазина, товара и цены. Товар в этой схеме тоже может быть композицией непосредственно товара и его свойств (вендор). Тут же рядом с SKU можно хранить и цену.
То есть, цена будет объединять товар (Items), магазин (stores), свойства товара (?). Получить цену в конкретном магазине - 1 джоин. Получить все цены одного товара - простой запрос по индексу.
Выложите MWB-проект, чтобы было проще.
