А что мешает пушить разные проекты в разные ветки? В таком случае локально проекты могут быть в разных папках, а на репозитории будет 1 проект с разными ветками. Если я правильно понимаю вопрос, то выгрузить мини-проекты можно сделав
- Пушим в нужную ветку
git push origin ****
- Забираем изменения с репозитория
git fetch
- Переходим в нужную ветку
git checkout *****