У вас исходник с расширением MP4? Тогда ответ
здесь.
Процессор или видеокарта получше вам не помогут, это особенность inter-frame кодека, они не предназначены для монтажа.
Если не MP4, то давайте нам сюда текстовую выдачу MediaInfo любого из исходников, будем посмотреть.