В целом Java ранее была практически стандартом для большого ПО, в тех же корпорациях, где датамайнинг был востребованной функцией, поэтому ее популярность обсуловленна инерцией.
Плюс один из самых популярных инструментов для mapreduce написан на java - Hadoop, хотя чтобы его использовать не обязательно писать на java.
В пайтоне есть хорошее и быстрая мат библиотека, плюс во многих университетах он почти стандарт в обучении и студенты/професура потом ип родолжает делать проекты на нем.
Ну а про R я думаю объяснять не нужно. Я бы именно его выбрал для ядра системы.
