В этих инструментах все же бутылочным горлышком будет не ОС - а ПО, mysql и php , и ресурсы которые для них прежде всего критичны.
Для mysql это Объем ОЗУ и производительность жесткого диска, ну и в третьей степени уже процессор. Для php процессор на первом месте, далее ОЗУ, ну и потом уже все остальное.
Снова таки многое зависит от сценариев работы самого приложения и в целом структуры проекта.
Короче говоря, в вашем базовом уровне ОС не столь критична в разрезе производительности, этот вопрос может подняться уже на другом этапе развития проекта, и даже там это скорее всего уже будет вопрос масштабируемости и отказоустойчивости.
