DjVu это ГРАФИЧЕСКИЙ формат. в нем есть поддержка текстового слоя, но он не отображается и нужен чтобы иметь возможность скопировать текст. DjVu можно перегнать в pdf (для никсов есть скрипт djvu2pdf), при этом изображения страниц конвертируются в формат графики используемой в pdf и сохраняются в pdf со страницами-картинками.
Epub — контейнер, содержащий в первую очередь текст в виде html-страниц. Благодаря этому он поддерживает сложную верстку, графику, но при этом можно менять шрифты и их размер, а так же разбивка на страницы не является фиксированой. По стандарту epub может содержать и pdf, но по сути это имеет смысл когда книга собирается из нескольких кусков(скажем, несколько глав в pdf'ах и остальные в html).
Т.к. все электронные книги поддерживающие ePub поддерживают и pdf (т.к. для отображения ePub сейчас во всех читалках используется Adobe Reader Mobile 9 SDK) то смысла конвертировать pdf в ePub нет.
