Собственно, ответов два варианта:
1. Неисправность типа "плохой контакт" - т.е. либо разъём недосунут, либо провод на нём недообжат, либо пайка плохая. Иногда бывает виновата коррозия контактов.
2. Перегруз питания порта по току. Как известно, ток через линии питания по спецификации USB ограничен. Для 2.0 было разрешено 0,5 ампера, для 3.0 - 0,9 ампера. В старых матерях для отработки превышения этого тока в цепях питания USB стояли т.н. "многоразовые предохранители" (они при превышении резко увеличивали своё сопротивление, а при снятии перегруза возвращались к норме), а в новых, по слухам, сам контроллер умеет следить за током.
Чтобы понять, в чём дело, придётся залезть в нутро компа с мультиметром, и померить вольтаж прямо на гребёнке разъёма (это крайние пары штырей гребёнки, 9-й штырь не считается). Если там норма, то можно вычислить место плохого контакта, продвигаясь вдоль шлейфа к наружному разъёму и меряя напряжение в разных точках. Если на каком-то участке в начале 5 вольт, а на его выходном конце 4,4 - вот на этом участке и гнездится причина (это может быть разъём, шлейф, второй разъём на маленькой платке фасада корпуса, печатная дорожка на этой платке, пайка втычки USB на этой платке). Если же пониженное напряжение есть прямо на гребёнке, то можно померить напряжение на соседней (их, как правило, не одна на материнке), и если там 5 вольт в норме, переключить шлейф фасадного USB на неё.
PS. На некоторых матерях, допускающих выбор, чем питать USB (дежуркой или основным 5 в), возможно пониженное напряжение дежурки - сдох её стабилизатор (или сдыхает). Тогда надо переключить питание на основные 5 вольт.