Александр

for (int i = 0; getline(in, line); i++) {
    vector<int> row; //создаем одномерный вектор
    for (int j = 0; j < line.size(); j++) {
        row.push_back(line[j]); //набиваем значениями 
    }
    matrix.push_back(row); запихиваем полученный одномерный вектор в двумерный.
  };