PhpDoc в первую очередь стоит использовать потому, что IDE сможет понять, что и куда должно передаваться, и будет производить статический анализ кода. То есть сможет подсказать, когда вы передаете объект или массив туда, где ожидается число. Ну и документация по методам и свойствам будет под рукой на расстоянии пол клика, меньше нужно будет в исходник смотреть, чтобы посмотреть типы входящих параметров.
