Я бы рекомендовал btrfs. И собирать и разбирать можно на лету с живой системой работающей с того же диска, пользуюсь уже очень давно, на новые диски переход получается легкий и быстрый + куча других плюшей предоставляемых файловой системой (снимки, сжатие и прочее).