Не совсем понятен вопрос, - не хватает деталей. Но исходя из сказанного, возможно вам нужно и контент обернуть в контейнер, у которого будет фиксированная позиция и свойство "overflow-y: scroll". Полосу прокрутки можно скрыть с помощью "scrollbar-width: none;" z-index контейнера сделать меньше, чем у шапки, тогда она будет наверху. Если правильно понял вопрос.
