Если исходить от идеала, то да. Composer для php npm для js пакетов. Но в composer можно и подключать отдельно asset библиотеки.
Например;
"bower-asset/font-awesome": "^4.7",
"bower-asset/owl.carousel": "^2.2",
"bower-asset/magnific-popup": "^1.1",
Если вы используете vue полноценно, то его даже в документации рекомендуют устанавливать через npm. Поэтому отделяйте два приложения. Серверные скрипты на php будут работать только как api, а весь UI будет на vue.