К чему плагин-то? К Яндексу, Google? К чужому сайту?
Все utm-метки так или иначе ставятся владельцами площадок или рекламных систем, например, при настройке контекстной или медийной рекламы.
Что касается потери источника перехода, то такое возможно, если переход происходит с httpS (например, выдача Google) на http (например, ваш сайт). Переводите сайт на https и будет вам аналитическое счастье.
