Надежнее всего использовать mysqldump и mysql database < dumpfile.sql
В крайнем случае можно использовать phpmyadmin для генерации дампа и mysqldumper для его загрузки (или опять же mysql database < dumpfile.sql), но я сталкивался с тем, что при генерации дампа phpmyadmin'ом и его загрузке в базу mysql ругается на некоторые комменты…
