mrstrictly

Попробуйте Redmine. Полностью покрывает первые 5 пожеланий, отчасти покрывает шестое, и совсем не покрывает седьмое (написан, если мне не изменяет память, на Ruby on Rails).

Я тоже до-о-олго "точил карандаши" прежде, чем просто сесть и написать. :) Использовал, кстати, LyX.

Ну, а для вашей задачи попробуйте pandoc: https://ru.wikipedia.org/wiki/Pandoc