Что касается штрафов ГИБДД, то его "неоплаченность" -- это уже ушедшие проблемы интеграции с ГИС ГМП на тот момент. С вероятностью 99% ваш штраф оплачен, то есть, проблема именно с его отображением. Сейчас штрафы учитываются практически мгновенно. Список кредитных организаций, подключенных к ГИС ГМП можно посмотреть на сайте
Федерального казначейства.
Что касается налоговой, то вам следует запросить копию платежного поручения о переводе средств в пользу уплаты налога у техподдержки Яндекс.Денег. С этой копией уже можно составлять жалобу в ФНС на начисленную пеню. Кстати, примерно как уже полгода, копию платежного поручения можно скачать прямо из деталей платежа, но только за новые платежи.