Проверьте подключение файлов в самих шаблонах системы:
{include 'file:template/base.tpl'} - для примера
В случае с чанком - подключение чанка из шаблона. Влиять может это
Шаблоны заливаете куда в файловый менеджер?
В настройках путь core/elements вроде по умолчанию, т.е. при вызове include нужно относительно elements и прописывать, то есть template/base.tpl
Может баян, но бывает с этим перебои связаны
(htaccess тут не при чем по сути), но внимательнее - RewriteRule надо после процесса преобразования ссылок RewriteEngine On подрубать.
Для теста все же поэксперементируйте с подключением include, а htacces к первозданному виду приведите. Все RewriteRule пока закройте (что то сомнения они вызывают, хоть в регулярках я и не силен)
