Покопался, и понял в чем была моя ошибка. Я запускал скрипт переименования находясь в ветке (не в master). Соотвественно, git нарисовал новую историю коммитов, а когда смерджил ветку в master, приплюсовал ее к оригинальной.
Исправить это по-простому не получится, но можно сделать следующее: откатить ветку master на коммит до слияния:
git reset --hard commit
Там история еще нормальная. Затем черри-пикнуть все нужные коммиты из функциональной ветки:
git cherry-pick commit..commit
Можно черри-пикнуть в новую ветку, а затем влить ее в master, чтобы восстановить коммит слияния.
А переписывать историю нужно из ветки master. И после этого в нее нельзя вливать старые ветки.