mr-troll

Во-первых, юзай индекс. Он будет работать при полном совпадении или поиске по началу.
Во-вторых, от like %phone% можно отказаться если у тебя разные поиски. Он ищет любое вхождение. Лучше заменить отдельно на:
`phone` like "000" полное.
`phone` like "000%" по началу .
`phone` like "%000" по концу - делает фулскан, не оптимизируется индексами

Оптимизировать поиск по концу можно добавив столбцы:
1, 2, 3, 4, 5 (сколько надо), цифр с конца, с соответствующими индексами,и уже на уровне приложения искать полным равенством по нужному столбцу

// перебор массива Market и изменение кол-ва и цены. 
foreach ($updMarket as $p) {
  $arLoadUpdProduct = [
    "amount" => $p["PROPERTY_56_VALUE"]+$p["PROPERTY_57_VALUE"]+$p["PROPERTY_58_VALUE"], 
    "price" => min([$p["PROPERTY_53_VALUE"], $p["PROPERTY_54_VALUE"], $p["PROPERTY_55_VALUE"]])
 ];
}