motomac

Если это именно поломка таблиц (а не просто их очистка кем-то), то должен помогать REPAIR. Если так, то у вас скорее всего движком MySQL выступает допотопный MyISAM. Он очень подвержен повреждениям. Смените его на InnoDB, и повреждений не будет.