Привет,
Дело не в NTFS. Дело в том, что при старте гостевой системы Ubuntu Server общая папка монтируется на уровне ядра по информации из файла /etc/mtab с доступом для root:vвoxsf и разрешениеями rwxrwx---, то есть с ней могут работать root и все юзеры, которые входят в группу vboxsf. Если вы, конечно, поставили гостевые дополнения прилагаемые к виртуалбоксу в консоли Ubuntu Server примонтровав их по /dev/cdrom, а не через apt из репозитория Ubuntu.
Добавьте себя в эту группу командой:
sudo usermod -aG vboxsf username
где username - ваш логин входа на консоль, перелогинтесь в консоли и без проблем сможете писать в свою общую папку.
Если же ставили как-то нестандартно гостевые дополнения, то смотрите файл /etc/mtab и ищите вашу общую папку в примерно такой строке:
имя_вашей_шары /media/sf_имя_вашей_шары vboxsf rw,nodev,relatime 0 0
вот этот vboxsf и есть группа, в которую вам надо себя добавить.
Еще вариант - проверить, кому принадлежит смонтированная папка и ее разрешения командой:
ls -al /media
или, куда у вас она смонтирована автоматом или монтируется руками и посмотреть, кто ее владелец и какая группа юзеров к ней подключена и уже по этой информации добавить себя в эту группу.