Всегда так делаю, устанавливаю чистый Debian, во время установки, когда определились диски, Alt+F2, через mdadm настраиваю md массив, fdisk'ом создаю разделы, возвращаюсь Alt+F1, ставлю систему. После этого надо в /etc/default/grub:
GRUB_DISABLE_LINUX_UUID=true
и
update-grub