Проблема решена, скрипт подключался только через product.php
$this->document->addScript('catalog/view/javascript/jquery/colorbox/jquery.colorbox-min.js');
Я его вывел в header.tpl в такой очередности и все работает<script type="text/javascript" src="catalog/view/javascript/jquery/jquery-1.7.1.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="catalog/view/javascript/jquery/ui/jquery-ui-1.8.16.custom.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="catalog/view/javascript/jquery/colorbox/jquery.colorbox-min.js"></script>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="catalog/view/javascript/jquery/colorbox/colorbox.css" media="screen" />