1.
Купите мини-пк с большим SSD, поставьте в офисе и туда бекапьте.
2.
купите или vps или готовую услугу c FTPS/SFTP для хранения бекапа.
Скриптом или соответствующим ПО бекапить туда с ротацией.
Я себе сам писал bash скрипт, который бекапит сайты/базу/выборочныеПапки в облако mega с ротацией. Удобно.
На яндекс.диске запрещено хранить регулярные бекапы сайта, это нарушение правил использования ресурса яндекс.диск, могут залочить аккаунт, останетесь без бекапов.
Могу помочь в организации бекапа.