Михаил

sudo service ssh restart пробовали?
root/.ssh/authorized_keys нет лишних пробелов или/или символов?
/var/log/auth.log Посмотрите а так же включите вход в рут в конфиге ssh PermitRootLogin yes

Используете dns сервер от Cloudflare? Если да, отключите прокси режим ибо с tcp/upd трафиком бывают проблемы, попробуйте ssh -vvv чтобы получить дополнительную информацию