Сперва общие рекомендации (на правах имхо :)
Для начала — innodb — довольно медленный движок с транзакциями и откатами. Если эти свойства таблиц вам не нужны — можно попробовать переделать на myisam. Тогда запросы на апдейты будут выполняться гораздо быстрее.
Можно пойти дальше и создать временную таблицу на движке «memory» с результатом слияния двух таблиц, то есть выполнять апдейты в памяти.