Похожая проблема возникла у меня при переносе бэкапа с centos на ubuntu. Правда, базы данных и пользователи отображались нормально - не отображались только домены.
Проблема возникла из-за кириллического домена, который VestaCP рекомендует записывать обычными русскими буквами и который после упаковки-распаковки бэкапов стал отображаться в Убунте (18) некорректно.
Решение: удалил кириллический домен и занёс его заново punycod'ом. Удалять нужно запись в конфиге /usr/local/vesta/data/users/пользователь/web.conf, а затем пересобрать домены командой "v-rebuild-web-domains пользователь".