Конечно не эксперт, а обычный пользователь, но все-таки отвечу.
Причин может быть много на самом деле. Как минимум сама операционная система может сама себя загадить логами и временными файлами, а так же прочим мусором.
Помимо мусора сама по себе ос имеет много лишних служб, которые просто не нужны и выполняют просто "обезьянью работу". Например: на моем планшете служба настойчиво требовала сим-карту и gps, которые у меня вообще не предусмотрены в модели, но службе было все-равно. В итоге вечный гестапо допрашивает партизана, который и сам не в курсе.
Службы гугл. Отправка данных и многое другое. Как не странно они тоже могут пользоваться базами данных на устройстве, а чем больше строк, тем медленнее чтение.
Сами по себе приложения тоже редко кто оптимизирует т к работают они не на качество, а на успех(срукожопили, заработало и ладно).
Пути решения? Не знаю, у каждого свои. Мне, например, помогло изгнание гугла из всех устройств.