Каждый раз читая тут как люди словили троянов на серваке и методы лечения от оных становится как то грустно.
Ну зачем искать их через поиск по всем файлам? У вас что нет системы контроля версий? (если нет то пора бы завести)
Код существует в одном экземпляре на серваке и больше нигде?
Если ответ «да», то как только всякими костыли и ручками вычистите эту заразу, заведите git, hg ну или свн и запушьте на какой нибудь удаленный сервак (благо есть куча бесплатных сервисов с закрытыми репозитариями), и когда в след раз вас «хакнут» сделайте пулл с удаленного сервака и все будут счастливы.
Ну ей богу, как дети малые.
