Владимир Скибин

io         = require('socket.io')(server, {
      "path": "/connect"
    }),

все остальное должно подхватиться на том что есть

Для организации всех socket - при коннекте закидывайте его в "комнату" с его "userid". Таким образом сможете заэмитить для всех сокетов нашего пользователя нужное событие. Также по примеру того же passport - в middleware для socket - если пользователь авторизован - докиньте в socket user-а и он будет тебе доступен в следующих местах.

Вы когда ловите событие коннекта для пользователя - добавляйте его в "комнату" с его id. Таким образом даже если пользователь зашел с разных устройств - то его socket.id будет в одной и той же "комнате" и Вы сможете заэмитить событие всего лишь по id пользователя

let writeSream = fs.createWriteStream(pathFile);
let upload = stream.pipe(writeSream);

writeSream.on('finish', () => {
          socket.emit('message', {
            status: 'uploaded'
          });
})

Вариант 1.
Отправьте "отключение" перед подключением к другому чату

Вариант2.
https://socket.io/docs/server-api/#socket-rooms - все комнаты, к которым подключен текущий сокет, а дальше выбрать ненужные и сделать leave для них