Может Вам попробовать пробросить все это добро через nginx ? Закрываем оба сайта через nginx, в каждом вписываем, что для location /.well-known/acme-challenge мы берем файлы из одного места (того, которое укажем как docroot для certbot), а все остальное проксируем уже на апач (1 сайт) и на сторонний хост (2 сайт)