Тогда лучший вариант - nginx, хотя можете самостоятельно попробовать обрабатывать через busboy и при превышении собственного лимита делать res.send(500)
AdEptElki, если через поддомен - то можете упереться в CORS или что либо кроссовое, если на отдельный урл - то все просто разруливается через location в конфиге nginx
Алексей Крупский, Тут скорее всего без конфигов и apache-status врядли получится что то спрогнозировать. Т.е. по идее по логике, даже что апач проксирует все это дело - то у него должно хватать child-ов, у mysql должны быть свободные сокеты для подключения и на все эти дела должны быть выделены дескрипторы в системе. Ну и параллельно смотреть htop/atop/mytop