При условии добавления клиенских ПК в домен, вариант с корректно расшаренными папками на сервере (с корректно установленными разрешениями) на мой взгляд предпочтительнее.
При расширенных требованиях к безопастности дополнительно неплохо внедрить EFS и смарт-карты.