Обфускатор для нативного приложения существует только в виде LLVM, x86obf (лично у меня не запустился SDK) если есть другие - я их не видел (и то простые файлы можно обфусцировать/но вроде бы я видел реализации снятия и этого метода)
За изи-тайм по быстренькому, смотрите в сторону protectors (vmprotect/enigma/themida/safeengine)
Но и эти легко снять с помощью OllyDbg и скриптов к ним, которые предоставляются сообществом крэкеров.