Алексей

У вас поля "{{%phone}}.company" и "{{%company}}.name" не индексные, поэтому внешняя связь и не создается.
И зачем вы делаете связь по полям "{{%phone}}.company" и "{{%company}}.name"? У вас же есть primaryKey в каждой таблице.
Я бы сделал так:

public function up()
{
  $tableOptions = null;
  if ($this->db->driverName === 'mysql') {
    $tableOptions = 'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci ENGINE=InnoDB';
  }
  // Организации
  $this->createTable('{{%company}}', [
    'id' => $this->primaryKey(),
    'name' => $this->string(),
    'code' => $this->string(),
    'city' => $this->string(),
    'address' => $this->string(),
    'schedule' => $this->string(),
    'link' => $this->string(),
  ], $tableOptions);

  // Телефоны
  $this->createTable('{{%phone}}', [
    'id' => $this->primaryKey(),
    'company_id' => $this->integer(),
    'number' => $this->string(),
  ], $tableOptions);
  $this->createIndex('idx-phone-company_id', '{{%phone}}', 'company_id');
  $this->addForeignKey("fk-phone-company", "{{%phone}}", "company_id", "{{%company}}", "id", 'SET NULL', 'RESTRICT');
}