Как понять, как Mikrotik блокирует трафик?

магия. черная.
показывайте конфиги )

Как понять, как Mikrotik блокирует трафик?

в обоих - это маловероятно

но если в обоих - вместо микротика поставить комп с тем же ип адресом - подключится?

Как подключиться к базе данных, для последующего вывода информации?

попробую погадать на кофейной гуще. Расширение php_mysql установлено?

Если установлено - то идем php.net/manual/ru/function.mysql-connect.php
и там в примерах использования видим замечательный код:

<?php
$link = mysql_connect('localhost', 'mysql_user', 'mysql_password');
if (!$link) {
die('Ошибка соединения: ' . mysql_error());
}
echo 'Успешно соединились';
mysql_close($link);
?>

можем попробовать его.

Но можем внимательно прочитать красный блок Внимание в начале странички и задуматься - может просто расширение устарело и надо использовать что то другое?

Как установить whmcs?

перечитайте документацию.

На официальном сайте разработчиков есть скрипт, выполняющий всю установку и настройку.

Как настроить 2 почтовых домена на 1 IP Kerio?

в смысле????
У вас есть почтовый сервер. Заводите в нем два домена, создаете в них ящики и работайте.
Разруливанием почты занимается smtp сервер, dns только определяет адреса почтовых серверов (mx), и используется в спам проверках - spf, ptr, dmarc, dkim и прочие умные слова.

Куда делись системные таблицы mysql и как это подчинить?

другие варианты - это все таки прочитать документацию. В данном случае - mysql_upgrade --help

mysql_upgrade -f
попробуйте, да?

Куда делись системные таблицы mysql и как это подчинить?

а вот как вы это подчинять будете - даже не знаю...

Почему занимаемое место в ОЗУ на VDS постоянно растет?

cloudflare и бот напрямую коннектится к вашему серверу? А смысл тогда от клоудфларе?

Доступ в WAN через VPN?

Обратитесь в техподдержку, пусть вас научат настраивать роутеры....
Или к ближайшему человеку, который знает про это больше вас.

Почему не могу обратиться к веб серверу по dns имени?

$ curl -I afflatus.xyz
HTTP/1.1 200 OK
Server: nginx/1.10.3 (Ubuntu)
Date: Fri, 21 Sep 2018 07:18:32 GMT
Content-Type: text/html
Content-Length: 612
Last-Modified: Thu, 20 Sep 2018 19:17:50 GMT
Connection: keep-alive
ETag: "5ba3f25e-264"
Accept-Ranges: bytes

Почему не могу обратиться к веб серверу по dns имени?

Welcome to nginx!
If you see this page, the nginx web server is successfully installed and
working. Further configuration is required.

For online documentation and support please refer to
nginx.org.

Commercial support is available at
nginx.com.

Thank you for using nginx.

Почему не могу обратиться к веб серверу по dns имени?

а почему вы решили, что сайт не работает?
работает, отдает себе стандартную заглушку nginx.

сайт залит на сервер? настройки сайта корректные?

Почему не могу обратиться к веб серверу по dns имени?

85.143.173.20 - это адрес вашей vps?

Почему не могу обратиться к веб серверу по dns имени?

тут все в порядке.

dig ваш_домен @8.8.8.8
что выдает?

И какой ip на вашем сервере для сайта указан?

Почему не могу обратиться к веб серверу по dns имени?

а как вы это выяснили?
iptables -L -n
что говорит?

service nginx status
что говорит?

Как подключиться к базе данных, если выводит подобные ошибки(phpmyadmin)?

вы включаете php код в index.html и искренне надеетесь, что веб сервер проявит интеллект и пропустит этот файл через интерпретатор php ?

Переименуйте index.html в index.php

Как определяется шлюз по умолчанию?

никак. Машина не понимает, машина использует.
Если шлюз не указан - то отправить пакет за пределы вашей сети невозможно

Как установить Centos 6.9 minimal с минимальным количеством пакетов?

поставьте в текстовом режиме. Буквально час назад разворачивал на одной из виртуалок....

Связка Miktorik + OpenVPN(ubuntu18) + OpenLDAP авторизация?

а, т.е. еще и разжевать, думать админы нынче не умеют.

Вы разрешили порт 1194 на микротик, но не разрешили микротику пропустить этот порт через себя во внутреннюю сеть.

Ошибка "mysqld: Disk is full writing '/var/tmp/#sql_3946_0.MAD' (Errcode: 28). Waiting for someone to free space...", как решить?

Disk is full writing '/var/tmp/#sql_3946_0.MAD
свободно 49Г
Может временный файл больше пытается записаться?
Эта ошибка выдается постоянно или при выполнении какого то запроса?