Экземпляр Vue.js монтируется к любому элементу на странице, как указано в документации:
https://ru.vuejs.org/v2/guide/index.html#%D0%94%D0...
Таких элементов может быть несколько на одной странице. Нет никаких ограничений в загрузке большого шаблона с сервера и привязке экземпляров Vue.js в скрипте только к тем элементам, в которых необходим клиентский рендеринг. Страница останется полностью валидна.