Нужно сначала подключить JQuery, а потом свои скрипты
gulp.task('js', function() {
return gulp.src([
'app/libs/jquery/dist/jquery.min.js',
'app/js/common.min.js', // Всегда в конце
])
.pipe(concat('scripts.min.js'))
.pipe(uglify())
.pipe(gulp.dest('app/js'))
});