На стороне dns-сервера:
- поставить bind и настроить его работу на MySQL или любую другую SQL базу данных
- генерировать текстовые конфиги для bind (или любого другого dns-сервера)
- сделать конфиг где в любых случаях всех кто запросит любой домен с этого DNS отправлять на список IP принадлежащих сервису.
Во всех трёх случаях slave сервера нужно будет настроить так же как master. Тоесть вряд ли у вас будет связка где master вы будете генерировать, а slave будут более глупыми и забирать зоны у master не зная их списка.
На стороне веб-сервера:
Если речь о vps/vds/collocation/dedication сервере то можно:
- генерировать nginx конфиги виртуальных хостов
- генерировать apache конфиги виртуальных хостов
- сделать настройку по умолчанию на некий скрипт и уже в скрипте инклудить каталог с доменом
- поискать в настройках nginx/apache (или какой вы там веб-сервер используете) возможность включить хост в адрес пути - уверен там такое должно быть
Уверен можно придумать ещё два-три кейса на эту тему.