Можно перенаправить вывод дочерних процессов в отдельный пайп или файл, используя subprocess.Popen.
Тут документация по этому модулю:
docs.python.org/library/subprocess.html
Тут можно посмотреть пример:
stackoverflow.com/questions/9283770/logging-process-stdin-and-stdout 
