Как справиться с проблемой разбиения файла?

Смотрите в сторону функции file(). Переводите файл в массив строк, ну а дальше уже парсить строки.

Как защититься от сис.админа и программиста, храня секретные данные в БД?

Ну тут либо "шашечки", либо "ехать".

Как защититься от сис.админа и программиста, храня секретные данные в БД?

Вот статья была habrahabr.ru/post/130085 Пример может не идеальный, но с ходу ничего не вспомнил.