Я бы на вашем месте сделал по-другому.
Парсил бы строку URI не в htaccess, а в index.php. А все запросы к несуществующим файлам передавал бы неизменными на index.php. Так делают во всех фреймворках сейчас. Тогда и _GET параметры все останутся, если надо. Пример htaccess (смотрите на последние три условия):
github.com/kohana/kohana/blob/3.0.x/example.htaccess
Потом его можно узнать в скрипте примерно так:
github.com/kohana/core/blob/3.0.x/classes/kohana/request.php#L239
и распарсить уже как надо на свои query, id и microid.
