lyrion

Дмитрий, в комментариях дал ответ.
Проблема оказалась в том, что файл я вызывал через консоль, а php-cli берет не тот файл php.ini, что apache (путь который мы получали через phpinfo() ).
Проверить путь к используемому файлу можно командой:
php --ini
Там у меня высветился другой ini файл. Когда я в нем раскомментировал расширение mysqli все заработало.

К счастью все разрешилось. Не могу назвать это универсальным решением, но я просто удалил MySQL Server через "Программы и компоненты", а потом накатил по новой. Во второй раз все пошло нормально и никаких ошибок не выпало.