Можно и без использования ООП. Тебе нужен файл с названием loader.py, где ты инициализируешь бота. Затем файлы, в которые ты импортируешь bot и регистрируешь хендлеры. И, наконец, файл run.py или app.py, куда ты импортишь свои файлы с хендлерами и запускаешь бота.