Есть крайне костыльный и ломовой, способ решения, к которому не хотелось бы прибегать. Можно просто заинклюдить инклюд не только в предназначенное ему место, но паралельно с этим в другой инклюд, которыq будет на самом верхнем уровне страницы спрятан в блоке с display none. Таким образом, дублирующая разметка не попадет на страницу, а переменные будут влиять на любой выбранный блок.