Как вариант: ту часть конфига, в которой прописываются всякие path, вынести в отдельный файл. А в основном конфиге просто использовать линк на этот файл. После этого нужно, чтобы каждый из разработчиков исключил этот файл (предположим paths.config) из обновления гита командой git update-index --skip-worktree paths.config. Теперь этот файл можно менять локально и его изменения трекаться не будут.