Слово длины n содержит (n+1)*n/2 непустых подстрок, на тексте из m слов верхняя оценка - m*(n+1)*n/2 разных подстрок.
Задача PN-полная (ну то что ты написал - вообще черте-что, а не задача - что за хрень "наиболее часто встречающиеся" и как оно соотносится с "максимальной длины"?), так вот, задача решается полным перебором.
Морда не треснет?
ps вот грязненький код, который ищет максималные подстроки, встречающеся хоь в паре слов. Ужас-ужас.
from collections import defaultdict
from pprint import pprint
data = [w.strip() for w in "BSNREORG, BSNWA010".split(',')]
alphabet = set(c for w in data for c in w)
nxt = {}
for c in alphabet:
tmp = [w for w in data if c in w]
if len(tmp) > 1:
nxt[c] = tmp
pprint(nxt)
while nxt:
cur, nxt = nxt, defaultdict(set)
for k, v in cur.items():
for c in alphabet:
for pattern in {k + c, c + k}:
nxt[pattern].update(w for w in v if pattern in w)
nxt = {k: v for k, v in nxt.items() if len(v) > 1}
pprint(dict(cur))
