Вам подсказывают, что в монге есть индексы. Один из них даже генерится автоматом - по полю "_id". Дропните эту базу, создайте такую же, но с заменой "user_id" -> "_id" (инициализация этого поля позволительна, модификация - нет), вам должно понравиться.
Ну и почитайте про индексы - что я вам буду пересказывать )
