В принципе особой разницы нет. Раньше, когда были модные mx440, когда ноутбуки были еще очень дороги и не распространены, существовали большие проблемы с ATI карточками под линь. Сейчас же, разработчики что NVIDIA что ATI пишут софт под все платформы и каких-либо проблем возникать с драйверами не должно.
Почитал топики выше. Насчет CUDA — есть аналогичные проекты и для ATI.
Насчет того что ATI греется сильнее Nvidia — весьма сомнительный факт, тк тоже зависит от типа видеокарточки. Тут, думаю, больше влияет техническая организация эффективности охлаждения в ноутбуке.
Лично свое предпочтение отдаю ATI, тк на моей совести они показали себя как наиболее отказоустойчивые.